Salah satu isu utama penerapan  BGH  adalah biaya pembangunan yang lebih mahal dibandingkan dengan bangunan  konvensional dengan perbedaan sekitar 10 – 15 persen. Namun hal dapat diimbangi dengan biaya pemeliharaan yang lebih rendah selama umur bangunan dan  berbagai manfaat yang diperoleh diatas. Disamping itu ada pemberian insentif kepada pemilik dan pengelola BGH dalam beberapa bentuk seperti keringanan retribusi, kompensasi berupa tambahan koefisien lantai bangunan, dukungan teknis dan bantuan tenaga ahli BGH dan dukungan publikasi / promosi. 

Penerapan BGH

Penerapan BGH  di Indonesia belum terlalu signifikan dan baru di kota besar seperti Jakarta, Bandung dan Semarang. Pemerintah perlu memberikan  contoh kepada masyarakat melalui penerapan BGH di semua bangunan perkantoran pemerintah baik yang sudah dibangun maupun yang akan dibangun. Apalagi untuk bangunan gedung negara dengan luasan diatas 5000 m2 wajib menerapkan prinsip – prinsip BGH (PP Nomor 16  tahun 2021, pasal 124 ayat 11).  

Sehingga semua bangunan  negara berkontribusi dalam menurunkan emisi karbon dan  menghemat biaya khususnya biaya operasional. Hal ini bertolak dari pemakaian  listrik bangunan pemerintahan yang masih tinggi dengan inefisiensi mencapai sekitar 25 – 30 (PT. Energy Managament Indonesia,2016). Hasil penelitian gedung bertingkat di Indonesia diperoleh data bahwa  beban listrik untuk AC mencapai 60 % dari total pemakaian energi listrik bangunan.

Kementerian PUPR sudah memberikan contoh dengan membangun gedung kantor dengan menerapkan konsep bangunan hijau yang dapat dijadikan referensi untuk bangunan pemerintah lainya.  Gedung Utama Kementerian PUPR Jakarta dapat menghemat listrik sampai 40 persen atau setara dengan 3,52 juta kwh / tahun, kontribusi pengurangan emisi CO2 3.140 ton dan menghemat biaya Rp 3 Milyar per tahun. Ini dicapai  dengan banyak mengandalkan penerangan alami dan sensor penerangan otomatis yang akan memadamkan lampu ketika tidak ada orang di setiap ruangan. Sementara untuk penghematan air dipakai sistem daur ulang penggunaan air dan penampung air hujan yang dipakai untuk menyiram lingkungan taman, penyiram urinoir dan mesin pendingan AC  (Kemen PUPR,2020).